Meritaimenkantojen tila on parantunut kalastuksen säätelyn, elinympäristöjen kunnostuksen ja vaellusesteiden poistamisen avulla. Erityisesti Suomenlahdella kehitys on ollut positiivista. Luonnonvarainen meritaimen on kuitenkin edelleen erittäin uhanalainen. Alkuperäistä meritaimenta elää nykyään vain 15 joessa.
Meritaimenen luonnonkantojen tilaa voidaan parantaa ja häviämisuhkaa pienentää alentamalla kalastuskuolevuutta meressä ja jokisuissa. Meritaimenten suojelussa myös kunnostukset, kalatiet, vesiensuojelutoimet ja paikallisten taimenkantojen suojelu on tärkeää. Rasvaevällinen taimen on rauhoitettu kaikilla merialueilla vuodesta 2019 alkaen.
Alkuperäisten Suomenlahden meritaimenkantojen tila vaihtelee joittain.
– Kunnostus- ja hoitotyöt ovat tuottaneet tulosta esimerkiksi Ingarskilanjoella, jossa elää Mustajoen lisäksi toinen Suomenlahden viljelyyn otetuista luonnonvaraisista meritaimenkannoista, tutkija Ari Saura Luonnonvarakeskuksesta kertoo.
Meritaimenta on myös kotiutettu Suomenlahdella muun muassa Helsingin ja Espoon mereen laskeviin kaupunkipuroihin, Vantaanjokeen ja Kymijokeen. Esimerkiksi Vantaanjoen alimmassa sivupurossa Longinojassa poikastiheydet ovat vakiintuneet korkealle tasolle.
Pohjanlahden meritaimenkantojen tila on heikentynyt viime vuosisadan puolivälistä lähtien. Merkittävimpiä syitä heikentymiseen ovat voimalaitospatojen ja muiden vaellusesteiden rakentaminen sekä liian suuri kalastuskuolevuus. Lisäksi maa- ja metsätalouden ja turvetuotannon aiheuttama kiintoaine- ja ravinnekuormitus, maankuivatuksen voimistamat virtaamavaihtelut sekä jokien perkaukset ja kanavoinnit heikentävät meritaimenen lisääntymismahdollisuuksia.
Tornionjoella taimen rauhoitettiin vuonna 2013. Tornionjoen sivujokien luonnonpoikastiheydet ovat olleet 2000-luvun alusta lähtien korkeampia kuin 1980- ja 1990-luvuilla. Kutukaloja on kuitenkin yhä vähän suhteessa lisääntymisalueiden määrään. Syksyllä 2019 sähkökalastettiin Naami-, Äkäs-, Paka- ja Kangosjoessa sekä niiden sivujoissa yhteensä 23 koealaa, joista vain yhdeksällä havaittiin taimenen kesänvanhoja poikasia.
Isojoen taimenkannan tilan kehitystä seurataan pääasiassa laaja-alaisilla sähkökalastuksilla. Viime vuosina poikastiheydet ovat kasvaneet selvästi. Vuosina 2019–2020 toteutetaan lisäksi laaja nousutaimenten radiolähetinseuranta. Villamon poistetun vaellusesteen yläpuolisille alueille on seurantatulosten perusteella noussut kymmeniä kututaimenia jo syksyllä 2019.
